A USP Leste foi construída em área ambientalmente problemática. Dentre as opções possíveis à época de sua instalação, entretanto, esta se mostrou a mais adequada.
Em alguns locais dessa área, foram adicionadas terras de origem desconhecida que, após análise laboratorial, concluiu-se estarem contaminadas. Instaurada sindicância para apurar responsabilidades, esta concluiu pela realização de ações que estão sendo avaliadas e desenvolvidas pela Universidade.
As exigências estão sendo cumpridas na medida do possível, levando em consideração os mecanismos de contratação de serviços por meio de processos licitatórios.
Para permitir a gestão dessas atividades, a USP encontra-se, no momento, em processo de contratação de empresa ambiental especializada para a execução dos trabalhos na área.
Ressalte-se que toda a documentação referente às análises efetuadas (monitoramento, mapas e relatórios técnicos) e o andamento dos trabalhos, conforme solicitações da Cetesb, foram entregues, nos prazos solicitados à Companhia, bem como à Diretoria da EACH.
