Essa trajetória teve início com a criação, em julho de 1942, do Serviço Especial de Saúde Pública, resultado de um acordo bilateral entre Brasil e Estados Unidos para a edificação da Escola de Enfermagem de São Paulo, como era denominada a atual EEUSP, visando ao preparo de profissionais de saúde para o trabalho em saúde pública.
Para a direção da Escola de Enfermagem foi convidada a professora Edith de Magalhães Fraenkel, que aceitou a incumbência de elaborar as bases sobre as quais a escola seria alicerçada. Porém, não o fez sem antes fazer uma incursão nos Estados Unidos e no Canadá, a fim de observar a organização de escolas de enfermagem naqueles países. Edith foi responsável por elevar a Escola de Enfermagem de São Paulo, em poucos anos, a padrões de ensino comparáveis aos das melhores instituições congêneres dos Estados Unidos.
Inicialmente houve uma importante parceria entre a Escola de Enfermagem e o Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, em 1941, no qual seria instalada a escola tendo em vista que o edifício ainda seria construído. Somente em 1947 ocorreu a inauguração do prédio da EEUSP. A primeira turma de formandas ocorreu em 1946, constituída por 38 alunas que viviam em regime de internato, extinto em 1973.
A escola rompeu com paradigmas ao acolher no curso de graduação mulheres negras e homens, contudo, aos homens não era permitido viver em regime de internato. Rapidamente a escola começou a despontar no cenário da enfermagem nacional com o primeiro Congresso Nacional de Enfermagem, em 1947. Em 1959, foram criados os primeiros cursos de pós-graduação lato sensu em Pedagogia e Didática aplicada à Enfermagem e Administração de Unidade de Enfermagem. Posteriormente, em 1973, foi criado o primeiro curso de pós-graduação stricto sensu, mestrado na área de concentração Fundamentos de Enfermagem.
Retornando ao ano de 1962, momento importante no qual ocorreu a desanexação da EEUSP da Faculdade de Medicina da USP e sua transformação em um estabelecimento de ensino superior com autonomia como unidade de ensino, autogestão e governança, com direito a constituir sua própria Congregação, como instância de deliberação máxima e com direito a voz e voto junto ao Conselho Universitário da Universidade de São Paulo.
Outro fato relevante foi sua aproximação com o Hospital Universitário da USP (HU-USP), fundado em 1981, constituindo-o numa das principais instituições parceiras no processo de ensino da escola. A implantação e a manutenção das práticas comprometidas com o ensino e a pesquisa no âmbito do HU se devem à forte articulação entre a EEUSP e o Departamento de Enfermagem do HU-USP, tradicionalmente gerenciado por professores da Escola de Enfermagem.
As marcas históricas da EEUSP ao largo dessas décadas têm sido de contribuição para o desenvolvimento da Enfermagem brasileira, em articulação com setores da sociedade e as instâncias governamentais e não governamentais, a fim de ampliar e consolidar a prestação de serviços no âmbito da formação de recursos humanos qualificados na Enfermagem, bem como garantir o fortalecimento do Sistema Único de Saúde em nosso País.